Erdély, a szabad vallásgyakorlat fellegvára
Erdélyben előbb az evangélikus (1557), majd a református (1564) felekezet számára biztosítottak szabad vallásgyakorlatot. 1568-ban a tordai országgyűlés kihirdette a szabad vallásgyakorlást Erdélyben, majd 1571-ben a marosvásárhelyi országgyűlés törvényerőre emelte a négy bevett vallást (religio recepta), vagyis a katolikus, református, evangélikus és unitárius vallások egyenjogúságát. Európában ez volt az első, ekkora vallási szabadságot adó törvény.
Erdély fejedelmei a protestáns hit védelmében a korabeli törvények betartása mellett a magyarországi ellenreformáció megfékezéséért is sokat tettek. A Bocskai István (1557–1606) felkelését lezáró bécsi béke (1606) Erdélyben megerősítette, a királyi Magyarországon megteremtette az egyes felekezetek szabad vallásgyakorlatát. Templomok és iskolák is kerültek vissza a protestánsok kezére. A fejedelem 1605 júliusában a tiszántúli és tiszáninneni egyházkerületek, szeptemberben az erdélyi lelkészek özvegyeinek és árváinak adott adómentességet és felmentést a jobbágyi szolgálat alól. Bocskai tevékenységének is köszönhető, hogy az 1608. I. törvénycikkben (tc.) a pozsonyi országgyűlésen a magyar rendek szabad vallásgyakorlatot biztosítottak az ország lakosai számára a bárókon, nemeseken keresztül a városi lakosságon és a végvári katonákon át a parasztoknak is. A vitás kérdések rendezésére pedig a felekezetek által megválasztott elöljáró volt jogosult.
Bethlen Gábor (1580–1629) 1613-os fejedelemmé választása után sokat tett a protestáns hit védelméért. Jól képzett lelkészeket hívott az országba, támogatta a külföldi képzést, valamint több egyházközséget (pl. Fogaras, Kolozsvár) is. Gyulafehérváron megalapította az Academicum Collegiumot (1622), ahová később külföldi professzorokat hívott, és főiskolai szintre emelte. Gyulafehérváron a teológiai és tudományos könyvek készítésére nyomdát alapított és támogatta a Debrecenben és Brassón már létező nyomdákat. Saját könyvtárát pedig a Collegium rendelkezésére bocsátotta. Neki köszönhetően több olyan béke született a háború alatt, amelyek biztosították a szabad vallásgyakorlatot.
Bethlen Gáborhoz hasonlóan I. Rákóczi György (1593–1648) is részt vett a harmincéves háború harcaiban. Aktívan támogatta a református egyházat, pl. a kolozsvári Farkas utcai templom helyreállításához járult hozzá, gyülekezet és iskola fenntartásához pedig dézsmanegyed–adományt juttatott. A presbiteriánus és puritánus eszmék hirdetőjét, a királyi Magyarországon üldözött Medgyesi Pált befogadta, udvari lelkésszé tette. A fejedelem által támogatott váradi nyomdából egyéb vallásos könyvek is kikerültek, így pl. a Károlyi-féle Biblia javított kiadása. Rákóczi Váradon kollégiumot létesített, emellett az Academicum Collegiumot is támogatta. 1670 után a királyi Magyarországot sújtó abszolutisztikus intézkedések, a protestánsüldözés elől menekülő politikusok, nemesek, prédikátorok és iskolamesterek Apafi Mihály (1632–1690) Erdélyében találtak menedéket. A fejedelem törekedett a hadjáratok miatt elnéptelenedett erdélyi gyülekezetek újjáélesztésére különböző adományok, így pl. dézsmanegyedek, sójárandóság juttatásával. Bethlen Gábor gyulafehérvári Collegiumát Nagyenyedre telepítette. A sárospataki kollégium 1672-es elűzésekor az iskolának Gyulafehérváron adott helyet.